發酵罐壁上的污垢是無機物和有機物的混合物，很難用單一清洗劑清洗。如果發酵罐的清洗只使用苛性鈉，它只起到去除有機物的作用。只有當清洗溫度達到80℃以上，才能有更好的清洗效果；清洗時使用單一硝酸進行清洗，對無機物質有一定的作用，對有機物幾乎無效。因此，發酵罐清洗需要堿性清洗液和酸性清洗液。發酵罐先清洗干凈后再殺菌消毒。罐體內臟物被徹底地清洗干凈才算是有效殺菌。
CIP運行方式及其對清洗效果的影響現代化啤酒廠采用普遍的清洗方式是原位清洗(cleaninginplace，簡稱CIP)，即在密閉條件下，不拆動設備的零部件或管件，對設備及管路進行清洗及滅菌的方法。像發酵罐這樣的大容器，不可能用充滿清洗液的方式清洗。發酵罐的原位清洗是通過洗滌器循環進行的。洗滌器有固定洗球型和旋轉噴射型兩種型式，通過洗滌器把清洗液噴射到罐體內表面，然后清洗液沿罐壁向下流淌，一般情況下，清洗液會形成一層薄膜附著在罐壁上。這樣機械作用的效果很小，清洗效果主要靠清洗劑的化學作用來實現。
固定洗球型洗滌器的作用半徑為2 m，對于臥式發酵罐就必須安裝多個洗滌器，洗液在洗滌器噴咀出口的壓力應為0.2~0.3 MPa;對于立式發酵罐和壓力測量點在洗滌泵出口的情況，不僅要考慮管路阻力造成的壓力損耗，還要考慮高度對清洗壓力的影響。壓力太低時，洗滌器的作用半徑小，流量不夠，噴射的清洗液不能布滿罐壁;而壓力太高時，清洗液會形成霧狀，不能形成沿罐壁向下流動的水膜，或者噴射的清洗液被罐壁反彈回來，降低了清洗效果。
在被清洗設備較臟和罐體直徑較大(d>2 m)時，一般采用旋轉噴射型洗滌器，通過增加洗滌器出口壓力(0.3~0.7 MPa)，來加大洗滌半徑，增強沖洗的機械作用，增加去垢效果。與球型洗滌器相比，旋轉噴射型洗滌器可以采用較低的清洗液流量。由于沖洗介質通過時，洗滌器利用流體的反沖力進行旋轉，沖洗和流空交替進行，從而提高了清洗效果。
清洗液流量的估算前已述及，發酵罐清洗時需要有一定的沖洗強度和流量。為了保證流體流層足夠的厚度及形成連續的湍流，必須注意清洗泵的流量。
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